La Academia de Atenas fue fundada con el Decreto Constitucional del 18 de marzo de 1926, como Academia de Ciencias, Humanidades y Bellas Artes.
El edificio principal de la Academia es un edificio neoclásico entre la calle Panepistimiou y la calle Akadimias en el centro de Atenas. El edificio fue diseñado como parte de una "trilogía" arquitectónica en 1859 por el arquitecto danés Theophil Hansen, junto con la Universidad y la Biblioteca Nacional. El magnate Simon Sinas había proporcionado fondos específicamente para este propósito, y la primera piedra se colocó el 2 de agosto de 1859.
Antes de que Akademia fuera una escuela, contenía un bosque sagrado de olivos dedicado a Atenea, la diosa de la sabiduría, fuera de las murallas de la ciudad de la antigua Atenas. El nombre arcaico del sitio era Hekademia, que en la época clásica se convirtió en Akademia y se explicó, al menos desde principios del siglo VI aC, al vincularlo con un héroe ateniense, un legendario "Akademos". El sitio de Akademia era sagrado para Atenea y otros inmortales.
El trabajo y las posiciones de la Academia de Atenas siguen teniendo un impacto en la sociedad griega. Esto queda claro a partir de las donaciones y legados de individuos y cuerpos; su gestión permite que la Academia siga cumpliendo su propósito: apoyar la investigación científica, financiar publicaciones, otorgar becas y otorgar premios.